Die Grundschule Wasserburg hat seit dem Schuljahr 2009/2010 von der Regierung von Oberbayern die Genehmigung gebundene Ganztagsklassen zu führen. Seit dem Schuljahr 2012/13 gibt es nun in allen vier Jahrgangsstufen je eine gebundene Ganztagsklasse. Parallel dazu existieren zu jeder Ganztagsklasse zwei Regelklassen.
Von Montag bis Donnerstag erstreckt sich der Schultag in den Ganztagsklassen von 8.00 bis 15.30 Uhr. Am Freitag endet der Unterricht bereits mittags.
Die für die Schülerinnen und Schüler verpflichtenden Aktivitäten, die über den gesamten Schultag verteilt stattfinden, stehen in einem konzeptionellen Zusammenhang mit dem herkömmlichen Klassenunterricht.
Über den ganzen Tag hinweg wechseln folglich traditionelle Unterrichtsstunden mit Übungs- und Studierzeiten sowie sportlichen, musischen und künstlerisch orientierten Fördermaßnahmen. Jede Klasse nimmt gemeinsam das Mittagessen ein. Die Kosten hierfür tragen die Eltern.